イストロギオ

GPAいくつ？TOEICいくつ？え？そこそこ自信あるって？ 大丈夫、物質は受かる。 どうも、NAISTの分子マシンオタクです。物質の合格体験記を簡単に書きたいと思います。 まず物質の入試では出願の時点で自分の研究テーマとnaistでやりたい研究テーマについて小論文を送る必要...

プロリンとは天然アミノ酸の一種であり、その中では唯一二級アミンであるという特徴があります。そのため、タンパク質ではターン構造を作るために利用されていたりしますが、化学史にとって最も重要な応用はリストが不斉アルドール反応の触媒として使用したことでしょう。これが不斉有機分子触媒...

Diels-Alder反応は教科書に載っているような典型的な反応ではありますが、一般にゴミが出ず、立体選択性に優れ、様々な分子に見られる有用な骨格を形成できるという意味で非常に重要な反応であると言えます。この反応を効率的に進行させる触媒の開発は古くからおこなわれています。一...

酵素や有機分子触媒をはじめ、多種多様な場面において水素結合は用いられています。それらの中で有名な水素結合ドナーはウレアやアミドですが、実はこの硫黄類縁体やセレン類縁体のほうがより強力な水素結合ドナーとなります。これはより極性が強いためですが、ちょっと待ってください。普通、電...

有機化学の手法によって優れた機能の分子を作ることができる要因の一つは、分子内の元素を置き換えることで性質がガラリと変化するという自然の掟があることです。このことにより、天然物では達成できない、素晴らしい機能を持った物質を創生することに成功してきたわけですが、想像した通りの物...

フォトクロミック分子とは、とある波長の光を照射すると吸収する光の波長が変化し、結果、色が変わる分子です。有名どころではアゾベンゼンもそうですが、様々なタイプの分子が開発されています。今回紹介する論文ではその一例であり、他の分子にはない特徴を併せ持つ分子teraryleneを...

尿素やチオ尿素はその高い水素結合能のため、非線形光学材料(専門じゃないのでよく知りません)や薬、有機分子触媒など、様々な用途のメインの構造ユニットとして利用されています。我々の体内でも、少なくとも尿素の方は、普通に存在する分子です。しかし、その構造を皆さんちゃんと理解してい...

これまで2本の記事を通して、Chem3Dなどを利用したpdbファイルの作成方法、pdbファイルのBlenderへの読み込ませ方が理解できたかと思います(まだ読んでいない方は是非読んでください)。これだけでも十分綺麗なのですが、やっぱりわざわざBlenderという外部ソフトで...

世界一美しい分子とは何か？三者三様の様々な答えがあり、別にどれが正解というわけでもなく、三者三様の正解があるはずです。人によってはその素晴らしい機能、生理活性、集合状態などを以て美しいと答えるでしょう。世の中にはベンゼンに萌える人たちもいるとのこと(さすがについていけねぇ笑...

皆さん、「演習で学ぶ有機反応機構」やってますか？？書店に並ぶ有機化学演習書は数あれど、この演習書以上に噛み応えのあるものはないでしょう。では、この本をもっと楽しく学ぶにはどうしたらよいでしょうか？問題がランダムに選出されたら楽しいと思いませんか？私は楽しいと思うので実際に作...

例年であれば図書館でレポート製作に熱中していたところだが、今年はコロナ禍でできなかった。代わりに前期に熱中したのは「BIOMOD」だ。BIOMODとはDNAオリガミなど、DNAを用いた構造体を作成する技術でもって何かを成し遂げようという学生大会である。今回のBIOMODでは...

前回の記事でChemdrawで分子構造を描き、Chem3Dからpdbファイルを作成し、Blenderで読み込ませるまで習得できましたか？まだ読んでない人はさくっと確認してきてください。 前回まででBlender上に分子模型を表示させることはできるようになりました。しかしまだ...

有機化学を勉強するとき、分子模型を使って分子の形を眺めたりすることはあるだろう。しかし、ChemSketchにしてもChemDrawにしても、表示される分子模型はお世辞にもきれいとは言えない。諦めるしかないのだろうか…？いや、諦めるのはまだ早い！Blenderを使えば簡単に...

現在、24時間テレビは夏の風物詩となって久しいが、批判も多い。チャリティーを名乗っているのに出演料を出すなんてけしからん、など、テレビ番組としての在り方にも批判の矛先が向いているが、しかし、最も批判を受けているのはいわゆる感動ポルノだろう。障碍者にダンスや登山をさせ、番組の...

実験テキストであったり、教科書であったり、いったいこの数式はどのような曲線を描くのだろうか、なんて思うことは皆さん経験があると思います。そのような時、どのようにして解決しているでしょうか？最も簡単な方法は数点座標を求めてみてなんとなく線を引いてみる、というところではないでし...

神話はいまだ科学が語りえないことを語る。それが正しいと無批判に信じるほど私たちはもはや純真ではないが、かつてはこの理不尽と未知と神意のあふれる世界を説明するために世界各国で創世神話が作られた。神話で創世を語らないものは見つけるのに苦労するほどである。この流れはギリシャ神話で...

今回紹介するのは、Yunyan Qiu氏らによる分子ポンプの論文『A precise polyrotaxane synthesizer』である。この論文は発想がだいぶ愉快なものなので、ぜひ読んでいただきたい。 ロタキサンは棒状の分子で大環状の分子を貫通させたような形の分子の...

SDFファイルとは、分子の構造と名前が付けられたファイルのことで、化合物のデータベースなどにも用いられます。このファイルを用いて分子のデータを入手しましょう！ SDFファイルはpdfなどといった一般的なファイルとは違ってあまり流通していないので、入手できる場所が限られていま...

中学校のころから数学の試験でよく「点P」が登場しなかっただろうか？図形の上やグラフの上を動きやがる「点P」には苦しめられた経験が誰しもあるでしょう。今回はにっくき「点P」を再現しよう、という記事になります。 使用するのはpythonとそのライブラリの一つplotlyなどです...

皆さん、FGO絶対魔獣戦線見ましたか？いろいろと印象的なシーンがありましたが、最も印象深いシーンの一つはゴルゴーンがティアマトを足止めするシーンでしょう。海面から蛇が現れ、金色の翼がバサッと開き…。形容しにくいのでぜひYouTubeか何かで確認していただきたい。今回はこのシ...