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Blenderで綺麗な分子模型を作ろう!

  • 執筆者の写真: guan satai
    guan satai
  • 2020年10月28日
  • 読了時間: 2分

 有機化学を勉強するとき、分子模型を使って分子の形を眺めたりすることはあるだろう。しかし、ChemSketchにしてもChemDrawにしても、表示される分子模型はお世辞にもきれいとは言えない。諦めるしかないのだろうか…?いや、諦めるのはまだ早い!Blenderを使えば簡単に綺麗な分子模型が作れるのだ!その使い方について簡単にまとめてみました。


必要なもの

・Blender(フリーソフトなのでBlenderで検索してダウンロードしてください)

・ChemOffice(頑張って入手してください。理科大生ならタダで手に入ります。CLASSの掲示確認せよ)


操作

1)まずChemDrawで分子模型が欲しい分子構造を書いてください。(例:ペンギノン)

2)コピペしてChem3Dに張り付けてください。

3)上のタブにある「MM2」のボタンを押して構造最適化してください。

4)計算が終わったら保存します。ファイル形式はpdbにしてください。

5)Blenderを立ち上げます。

6)新規ファイルで全般を選んでください。

7)まず中央のブロックを消してください。(邪魔なので)オブジェクトを消すときは、その輪郭がオレンジ色になっている状態(選択状態)でDeleteキーを押してください。

8)「編集」>「プリファレンス」を開いてください。

9)アドオンの中で「Import-Export: Atomic Blender PDB/XYZ」にチェックを入れてください。

10)プリファレンスのタブを閉じ、続いて「ファイル」>「インポート」からpdbを探してクリックしてください。

11)ファイル選択画面に飛んだら先ほど作成したpdbファイルを選択してください。

12)完成です(嘘)

 このままでも形を見る分には十分です。十分なのですが、もっと綺麗な写真が欲しくなるのが人情です。そのための機能がBlenderに備わっていますが、その機能の紹介は次回にしましょう。(いつになるかな?)

 ちなみに、Blenderを使うとこんな分子模型のGIFが作れます。

 Blender単体でも十分に強力なソフトで、こんな本物にしか見えない画像を作ることもできます。

 皆さんもぜひBlenderの力で思い思いの分子模型を作ってみてください!


 
 
 

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