Blenderで綺麗な分子模型を作ろう!
- guan satai
- 2020年10月28日
- 読了時間: 2分
有機化学を勉強するとき、分子模型を使って分子の形を眺めたりすることはあるだろう。しかし、ChemSketchにしてもChemDrawにしても、表示される分子模型はお世辞にもきれいとは言えない。諦めるしかないのだろうか…?いや、諦めるのはまだ早い!Blenderを使えば簡単に綺麗な分子模型が作れるのだ!その使い方について簡単にまとめてみました。
必要なもの
・Blender(フリーソフトなのでBlenderで検索してダウンロードしてください)
・ChemOffice(頑張って入手してください。理科大生ならタダで手に入ります。CLASSの掲示確認せよ)
操作
1)まずChemDrawで分子模型が欲しい分子構造を書いてください。(例:ペンギノン)

2)コピペしてChem3Dに張り付けてください。

3)上のタブにある「MM2」のボタンを押して構造最適化してください。
4)計算が終わったら保存します。ファイル形式はpdbにしてください。
5)Blenderを立ち上げます。
6)新規ファイルで全般を選んでください。
7)まず中央のブロックを消してください。(邪魔なので)オブジェクトを消すときは、その輪郭がオレンジ色になっている状態(選択状態)でDeleteキーを押してください。
8)「編集」>「プリファレンス」を開いてください。
9)アドオンの中で「Import-Export: Atomic Blender PDB/XYZ」にチェックを入れてください。
10)プリファレンスのタブを閉じ、続いて「ファイル」>「インポート」からpdbを探してクリックしてください。
11)ファイル選択画面に飛んだら先ほど作成したpdbファイルを選択してください。
12)完成です(嘘)

このままでも形を見る分には十分です。十分なのですが、もっと綺麗な写真が欲しくなるのが人情です。そのための機能がBlenderに備わっていますが、その機能の紹介は次回にしましょう。(いつになるかな?)
ちなみに、Blenderを使うとこんな分子模型のGIFが作れます。

Blender単体でも十分に強力なソフトで、こんな本物にしか見えない画像を作ることもできます。

皆さんもぜひBlenderの力で思い思いの分子模型を作ってみてください!
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